《区域创新系统资源配置效率研究》首先对区域创新系统资源配置效率的核心概念进行探讨和界定，在此基础上，分析了典型区域创新系统的发展历程，归纳了区域创新系统的发展阶段，构架了区域创新系统发展骱段识别模型，并通过实证研究验证了模型的有效性。其次，构建了区域创新系统资源配置效率评价指标体系和调节变量体系，通过实证研究提炼了区域创新系统投入和产出结构，研究了我国区域创新系统资源配置模式，并通过三阶段DEA模型评价了1995年至2005年上海市区域创新系统的资源配置效率。