《环境工程微生物学》重点介绍了与环境保护特别是与环境污染治理密切相关的微生物知识。内容包括环境工程微生物学的发展历史和发展趋势，微生物的微观结构和形态的观察方法以及环境污染治理工程中常见微生物的形态、结构和特征，微生物培养、分离的原理和方法以及微生物生长繁殖规律，微生物对常见有机污染物质的代谢。同时介绍了微生物的遗传和变异，微生物在给水和排水工程、大气污染治理、固体废物处理中的应用原理和实例，以及最新的微生物脱硝技术和生物修复的相关知识。