《中国科技发展研究报告2006-2007》围绕2006年以来中国科技发展中存在的重大战略和政策问题进行了分析和展望，并以知识产权战略下的自主创新为专题，回顾了知识产权的由来、对技术创新的推动作用，以及发展中国家在知识产权战略下进行自主创新的特殊性，并对通信服务产业、软件、药品、汽车和中药五个产业的知识产权状况和技术创新的挑战及对策作了深入的分析，比较了它们的自主创新特点，提出了这些产业利用知识自决权，实现自主创新的战略和政策建议。