《主体功能区划与区域生态补偿问题研究》讲述了国家的主体功能区划是一次重大的实践，但是要解决的已经不再是传统的区域划分和分工等追求发展效率的问题，而是要同时解决人与自然的矛盾和区域与区域的矛盾。区域生态补偿就是要从“科学发展观”、“可持续发展”等关注的“人地关系”中看到“区域关系”，即人与自然的和谐（人地协调）、区域与区域的和谐（区域协调）。主体功能区划战略目标的实现需要区域生态补偿，而《主体功能区划与区域生态补偿问题研究》就是探讨其基础理论和实践方面的问题。